Горно-Алтайский государственный университет в 2016 году впервые оказался в Национальном рейтинге вузов России, составленном рейтинговым агентством RAEX («Эксперт РА»).

Среди алтайских вузов ГАГУ занял четвертое место, уступив Алтайскому государственному университету, Алтайскому техническому университету и Алтайскому медицинскому университету. Среди российских вузов ГАГУ оставил позади Забайкальский государственный университет, Новосибирский государственный архитектурно-строительный университет, Калининградский государственный технический университет, Красноярский государственный аграрный университет, Хакасский государственный университет им. Н.Ф. Катанова и других.

При подготовке рейтинга использовались порядка 50 статистических показателей, а также результаты опросов среди 28 тысяч респондентов: работодателей, представителей академических и научных кругов, студентов и выпускников.

В начале 2016 года рейтинговое агентство «Эксперт» стало первой в России и четвертой в мире организацией, чьи рейтинги вузов успешно прошли международный аудит IREG Observatory. Зарубежные эксперты подтвердили, что методология рейтинга, процедуры его подготовки и представление результатов отвечают стандартам высокого качества, сообщается на сайте учебного заведения.