Пограничная охрана в республике ведет свою историю с момента образования Ойротского Кавалерийского Пограничного отряда ОГПУ – с 16 апреля 1926 года.

В 1919 году на Алтай вошла прославленная 26 Краснознаменная Златоустовская дивизия, сформированная из рабочих Петрограда и других промышленных центров России. Именно её частям и подразделениям в Хакасии, Кузнецке и Горном Алтае было поручено организовать охрану границы молодого Советского государства.

В апреле 1923 года охрана государственной границы передана кавалерийским частям пограничной охраны ОГПУ. Кавалерийский взвод 5 отдельного кавалерийского дивизиона расположился в селе Кош-Агач.

В декабре 1923 года из 5 отдельного кавалерийского дивизиона сформированы три отдельных эскадрона и 15 отдельный кавалерийский пограничный дивизион.

В апреле 1924 года 15 отдельный кавалерийский пограничный дивизион реорганизован в пограничные комендатуры в селе Кош-Агач и в селе Улаган.

В 1926 году комендатуры преобразованы в Ойротский пограничный отряд ОГПУ.

Пограничники в 20-30 годы ХХ века организовывали охрану государственной границы, вели беспощадную борьбу с бандами и преступными элементами, промышлявшими контрабандой скотом, золотом и пушниной, шпионажем и диверсиями.

Пограничники Ойротского пограничного отряда отважно сражались с фашистами в составе 106 Краснознаменной Днепровско-Забайкальской ордена Суворова II степени стрелковой дивизии. За мужество и героизм, проявленные в годы Великой Отечественной войны, и разгром милитаристской Японии многие из них были награждены боевыми орденами и медалями.

Охрана и защита государственной границы с Монгольской Народной Республикой, Тувинской Народной Республикой и Китаем, в годы войны, подвергла ойротских пограничников суровым испытаниям на прочность. Огромная протяженность границы, труднопроходимая местность, острая нехватка боеприпасов, продовольствия, обмундирования, нехватка опытных командиров и бойцов, погибших на фронтах войны, требовали от пограничников в военные и послевоенные годы мобилизации всех физических и моральных сил.

Ойротский пограничный отряд завершил свою деятельность и был расформирован в 1955 году. Участок государственной границы был передан под охрану Кызыльскому пограничному отряду Забайкальского пограничного округа.

История пограничной охраны на этом не закончилась. Эстафету славных традиций ойротских пограничников принял вновь сформированный пограничный отряд с местом дислокации в селе Акташ Улаганского района Республики Алтай. И с 1994 года пограничники взяли под охрану государственную границу.

В 2004 году пограничный отряд переименован в Пограничное управление Федеральной службы безопасности Российской Федерации по Республике Алтай, которое и сейчас выполняет задачи по охране государственной границы.