Официально судебная реформа в России началась 20 ноября 1864 г. с указов Александра II. Ее основные положения строились с учетом специфики конкретных экономических, национальных, и иных условий, сложившихся в России. В единую систему судов входили 2 группы: общие судебные органы и местные судебные органы. Местным судебным органам отводилось важное место. Именно они, согласно царскому указу от 20 ноября 1864 года, находились ближе всего к населению. Главное значение в этой системе отводилось мировым судам. Мировой судья и его помощники избирались земским собранием сроком на 3 года.

Территория Горного Алтая входила в 1-й Бийский судебный участок. Огромная территория и небольшая численность местных судебных органов и нехватка квалифицированных юристов, особенно знающих алтайский, казахский языки, обычаи, традиции местного населения, серьезно ослабляло дело судопроизводства.

До 1913 года территория Горного Алтая делилась на русские волости, 9 инородческих волостей, 7 алтайских дючин и 6 инородческих управ. С введением в 1898 году должности крестьянских начальников Бийский уезд был разделен на 5 полицейских станов, включающих 22 участка и 7 следственно-мировых судейских участков, распространявших свою деятельность на территорию Горного Алтая.

В документах Государственного архива Томской области имеется протокол заседания комиссии по разграничению районов мировых судей по Бийскому уезду, датированный 6 июля 1908 года. Из данных протокола следует, что Комиссия из председательствующего Н.П.Васильева и мировых судей: 1 участка Г.В.Самсонова, 2-го участка А.П.Калинина, 3 участка А.А.Шмель, 4 участка В.Е.Лежхина, заведующего 5 участка А.А.Шмель, 6 участка Т.П.Касаткина и 7 уч. В.И.Злобинцева. Комиссия, обсудив статистические, территориальные и этнографические данные Бийского уезда, а также условия разъездов, пришла к соглашению о распределении Бийского уезда между семью следственно-мировыми участками.

Первым законодательным актом Советской власти о суде был принятый 22 ноября (5 декабря) 1917 года СНК РСФСР Декрет о суде, вошедший в историю советского судоустройства как Декрет о суде №1.

После окончания гражданской войны на территории Горного Алтая (1920 г.) продолжали действовать прежние суды, подчинявшиеся Алтайскому губернскому советскому суду в г.Барнауле.

8 сентября 1920 года область была разбита на 4 судебных участка. На заседании Ревкома в лице председателя тов.Плетнева и члена тов.Арбузова совместно с представителями Алтгубисполкома в качестве членов Инструкторско-экспедиционной Комиссии т.т. Бочкаревым и Троицким (протокол №68 от 08.09.1920 г.) было вынесено Постановление «об организации Народного суда в Горно-Алтайском районе, для чего район разбить на 4 участка а именно: 1-й уч.Шебалинский входящими в его волостями: Шебалинская, Чергинская, Песчанская, Ново-Дмитриевская, Салдамская с резиденцией в с.Шебалино; 2-й уч. Онгудайский с входящими в его волостями: Онгудайская, Туэктинская, Чибитская, Улаганская, Кош-Агачксая, Киргизская и Чулушманская с резиденцией в с.Онгудае, 3-й уч. – Абайский с входящими в его волостями: Абайская, Катандинская, Усть-Канская, Уймонская, Тюдралинская с резиденцией в с.Абае; 4-й участов - Улалинский с входящими в его волостями: Улалинская, Айская, Имеринская, Бешпельтирская, Чемальская, Паспаульская, Успенская, Ыныргинская, Алтын-Кольская и Ахтыганская.

В 1-й Шебалинский участок назначить в должность Народного судьи тов.Троицкого Петра Степановича, 2-м участке пока останется пока открытым, в 3-й участок назначается тов.Сартаков Иван Никонович, в 4-й назначается тов.Тарлавин».

Первые попытки реформировать советскую судебную систему были предприняты во времена перестройки. Верховный Совет СССР принял поправки к Конституции, повысившие независимость судов. Срок избрания судей увеличился до 10 лет. Первые практические шаги реформы были сделаны уже в июле 1991 года, когда государственные арбитражи, которые были "административными" органами заменили арбитражные суды. Госарбитраж в нашей области был образован в июле 1991 года. Госарбитр начал работать с августа 1991 года. 7 февраля 1992 года Верховным Советом Республики Алтай был образован Арбитражный суд Республики Алтай, председателем которого был избран Наймушин А.А. В первое время штат Арбитражного суда РА состоял из госарбитра и заведующего канцелярией. С июля 1992 года стали принимать на работу судей и работников аппарата. В настоящее время в Арбитражном суде РА работает 7 судей, 4 помощника судей и 30 работников аппарата суда. В настоящее время обязанности председателя Арбитражного суда Республики Алтай исполняет К.С.Кудрявцева.

В 1998 году образовался новый орган в судебной системе России - Судебный департамент при Верховном Суде Российской Федерации. Приказом Судебного департамента при Верховном Суде Российской Федерации. Приказом N 20 от 1 июля 1998 года было создано Управление Судебного департамента в Республике Алтай. Задачами данного органа является создание условий для осуществления полного и независимого правосудия, что подразумевало освобождение председателей судов, судей от решения многих вопросов, несвойственных деятельности судей. Основной функцией Управления Судебного департамента в Республике Алтай является кадровое, финансовое, материально-техническое и организационно-правовое обеспечение деятельности судов. С первого дня образования Управлением руководит Нонуков Р.П.

Федеральным законом "О мировых судьях в Российской Федерации" от 17 декабря 1998 года положено начало деятельности мировой юстиции в современной России. Этим законом учреждаются должности мировых судей в субъектах Российской Федерации, введение которых направлено на совершенствование судебной системы правосудия, повышение эффективности деятельности районных судов по рассмотрению наиболее сложных уголовных и гражданских дел. В Республике Алтай мировая юстиция начала действовать с 2002 года. На сессии Государственного Собрания – Эл Курултай Республики Алтай 24 сентября 2002 года назначены мировыми судьями в судебные участки города Горно-Алтайска Айманов В.П. и Альмагамбетова С.М. В настоящее время в Республике Алтай действуют 9 участков мировых судей: 4 участка в г.Горно-Алтайске, районные Онгудайский, Турачакский, Шебалинский и 2 уч.Майминском районе.

С образованием Республики Алтай Областной суд был переименован в Верховный суд Республики Алтай.В разные годы председателями Областного суда (Верховного суда) работали Рыбакова Н.М., Санжанаков А.А., Кувалдин Ю.Н., Табаев Д.И., Скрипаль Н.Н. и Амургушев В.К., Ширнин В.П. В настоящее время председателем Верховного суда Республики Алтай является Щиренко А.В.

Система судов общей юрисдикции Республики Алтай включает в себя 11 федеральных рай(гор)судов. На сегодняшний день в регионе штатная численность федеральных судей - 55. Онгудайский, Усть-Канский, Кош-Агачский, Чемальский, Усть-Коксинский, Турачакский, Улаганский и Шебалинский районные суды являются 4-составными, Чойский районный суд – 3-составным, Майминский районный суд – 6-составным. Горно-Алтайский городской суд 14-составный. Общее число работников аппаратов судов – 155 человек.